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| Facio | 3D分子モデル作成や分子軌道等の可視化を行うソフト 最新版 Ver.15.1.2 Full Package 2012年1月22日 公開 Ver.15.1.2_Update Ver.13.1.1では、Gaussian 09の出力の読み込みに対応。 Ver.11.8.1では、タンパク質のポイントミューテーション機能やGAMESSやGaussianの構造最適化或いは遷移状態探索の途中の構造をアニメーションで表示する機能などを実装しました。 Ver.11.7.1では、FMO計算によるフラグメント間の相互作用を2Dマップで表示する機能や Rainbow Fragment表示機能を実装しました。 Ver.11.6.2は、11.6.1のminor bug fix versionです。 Ver.11.6.1では、水素原子の欠落したタンパク質のPDBファイルにATOMレコードとして水素原子を補完したり、Alternate Locationを削除したりするPDBユーティリティを付けました。 Ver.11.5.1では、PIEDA可視化パネルが更に改良されました。 Ver.11.4.1では、FMO計算のPIEDA (Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)の結果を読み込み解析するための機能とTINKER-AMBER計算の入力ファイル作成機能を作りました。 Ver.11.3.1では、フラグメント作成のアルゴリズムを全面的に改良したほか、糖鎖の自動フラグメント作成、PCM計算、多層FMO計算、FMO並列計算の設定などができるようになっています。 Ver.11.2.1では、MO法によるFMOフラグメントの構造最適化機能を実装しました。最適化は、各フラグメント内の分割点を常に固定し、水素原子のみ若しくは非水素原子も含めた全原子に対して行われます。指定した範囲の複数のフラグメントや全フラグメントの連続最適化もできます。 Ver.11.1.1では、FMOのためのGUIを実装しました。フラグメントの自動分割を行ったり、手動分割を対話的に行い、FMOの入力ファイルを自動的に生成します。また、タンパク質のような巨大で複雑な分子の部分構造をみるためのLocal Structure Viewerをつくりました。 下のスクリーンショットは、Ver.10.7.1 で実装した機能で、20個までの分子軌道を同時に表示するものです。各画面での分子の配向は、メイン画面での動きにシンクロします。
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| Servo | MySQLを使ったサーバー&クライアント型 試薬管理システム | |
| VCube | OpenGLを使って作った仮想ルービックキューブ | |
| chemps | 化学構造式をPostScript言語で描くためのマクロ | |
| Dhcoor | 正十二面体対称性をもつ超分子の座標自動発生ソフト |
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| Facioの配布アーカイブにも同梱されています。 |
| Last Update: January 24, 2012 |