Facioは、フリーの３D分子モデル作成ソフトです。分子軌道法を用いた構造最適化機能や複雑な分子のモデリングに必要な種々の機能を備えています。また、タンパク質の２次構造、４次構造の表示ができるようになるなど、 PDB（Protein Data Bank）形式の分子構造データの３D表示機能にも力を入れています。 なお、Facioという名称は、ラテン語の「私は作る」からとりましたので、発音は「ファキオ」としていただければ幸いです。 　　　最新バージョン（2012年1月22日公開） 　    Facio 15.1.2 Full Package　        Facio 15.1.2 Update

この他、Facioには、次のような量子化学計算の結果を可視化する機能があります。

【 分子軌道の表示 】 STO-3G, PM3, AM1, MNDOによる分子軌道の表示が可能で、左の図は、ナフタレンのＨＯＭＯの様子です。 基底関数セットMINIを使うとランタノイドを含めた第６周期までの全ての元素について分子軌道が表示可能です。

【 基準振動のアニメ表示 】 左のGifアニメは、ベンゼンの面外変角振動の様子です。Facioのアニメ表示では、もう少し活発に動きます。 Facioの配布アーカイブに基準振動のデータをサンプルとして同梱していますので、 GAMESSによる計算を行わなくても基準振動がどういうものか見ることができます。

溶媒排除表面にマッピングした静電ポテンシャル
【水の等電子密度表面】 （電子密度＝0.065）		【水の等静電ポテンシャル表面】 （静電ポテンシャル値＝ +0.052 と -0.052）

Facioには、複雑な分子のモデリングを容易にするため、次のような機能があります。 GAMESSを用いた構造最適化 PDB形式の分子構造ファイルを２つ読み込むことができる。 更に、後から読み込んだ分子の相対位置や角度が調節できる。 それぞれ別の分子の任意の二つの結合を直線上にならべることができる。 結合軸に沿ったグループの移動。 結合軸の周りのグループの回転。 結合角の変化に伴うグループの移動。 ２、３、４の機能は右のアニメのようなものです。

トリプトファンの溶媒排除表面。 計算は、MSMSにより行っています。 （MSMSの参考文献） Sanner, M.F., Spehner, J.-C., and Olson, A.J. (1996) Reduced surface: an efficient way to compute molecular surfaces. Biopolymers, Vol. 38., (3), 305-320. http://www.scripps.edu/~sanner

２次構造表示（赤：Helix　黄：Sheet）		４次構造表示

α-へリックス		β-ターン

		Ver.7.5.1では、糖鎖のモデリングができるようになりました。 8 x 2 種類のピラノースと8 x 2 種類のフラノースから誘導される16 x 2 種類のグリコシル基を用意しました。
オリゴ糖　スタキオース

		Ver. 8.3.1では、Tinker と連携して核酸のモデリングができるようになりました。 ただし、Tinkerのnucleic.exeにはバグがあるため、Ｚ型の構造で塩基対間にぶつかり合いが見られます。
DNA : d(AGCTAGCTAGCT) のＢ型二重らせん構造